國立大學是由政府出資興辦，與眾多私立大學有著本質上的區別。日本的國立大學都設有大學院(研究生院)，開設碩士和博士課程。國立大學的背景在申請獎學金、享受醫療保險、就業、交通費折扣等方面擁有更多的機會和優惠。當然，不能絕對的說，國公立大學一定比私立大學好。不可否認，一流的私立大學也是很有實力的，學生應根據自身的條件、興趣和對學科的要求選擇自己想去的大學。
     日本國立大學讀研的基本優勢：
      1、國立大學之間差距較小，與眾多私立大學相比較，日本國立大學相對質量比較均一，不存在超一流私立大學與危險大學之間的“天壤之別”。這是因為，國立大學目前還不存在質量低劣的大學。即便個別某所地方國立大學因生源不足發生運營困難，其解決的方式通常是與就近的國立大學合并，受損害的最多的是學校的教師，而學生一方不會有什么損害。但國立大學相對自由度較小，政策轉變較慢，通常設置新型學科不是件容易事。另外一點就是招生體制保守，目前日本國立大學招生基本局限于日本國內招生，留學生想要報考日本國立大學通常需要經過半年到1年預備教育的過渡，才能在日本完成升學。
      2、就讀國立大學的留學生有很大幾率可以申請到學校宿舍，不僅價格低廉、距離學校較近、每天上下學會變得很方便。而且還可以和各個國家的留學生一起生活，有助于剛到日本的留學生建立人際關系。并且因為宿舍價格低廉的原因，在就學期間，絕大部分學生半工半讀即可實現生活費自理，極大地減輕了家庭的負擔。
      3、日本國立大學在入國管理局和大使館有很高的信譽，簽證申請一般來說都比較順利，成功率頗高。
      4、日本國立大學學費便宜。即使包含了首年的入學金，學費也可以控制在80萬日元左右(約等于5萬人民幣左右)，并且獲得獎學金的機會相當大。
      5、國立大學一般都設有面向留學生的免費日語寫作輔導，老師會教平時上課要交的小論文和正規論文的寫法，有助于留學生日語學術寫作能力的進步。
      6、日本的一流大學就業前景比較光明。去日本讀碩士將來無論回國或留在日本，都會有良好的就業前景。如果選擇了費用相對低廉的國立大學的話，在日本就職一年的工資即可收回全部教育投資。